MISAO改良にあたり、ググれる範囲でニコニコメソッドツールをまとめてみました。MISAOと同様にIRC（USTREAM.TV）を対象にしたツールもあったようですね。
ニコニコメソッド元ネタ
おそらく、ニコニコのようにコメントをプレゼン中に表示されるという話しは、07年4月25日のニコニコ動画勉強会のアイデアが元になっているようです。この時点ではニコニコメソッドと呼んでいたのかは不明です。
勉強会プレゼン中に参加者がケータイでリアルタイムにツッコミができるニコニコプレゼンのアイデアは面白かったです
と、ニコニコ動画勉強会に行ってきました（TAKESAKO @ Yet another Cybozu Labs）にあります。
ニコニコメソッド ツール
上記のアイデアを受けて、実現するソフトウェアが登場しました。
まず、ひとつめが、LingrTickr - 誰でもニコニコメソッドプレゼン（nakatani @ cybozu labs）。07年5月1日。Yahoo! Widgets による Lingr のチャット内容を表示するもの。
時期 同じくして、AIR でニコニコメソッド プレゼン（てっく煮ブログ）も登場しています。07年5月1日。AIRによるテキストファイルの内容を表示。また、WCAN mini ActionScript Vol.3に使用された記事がありました。
しばらく時期をおいて、WPFでニコニコメソッド（ZOETROPEの日記）。07年9月9日。WPFとtelnetによるもの。08年3月24日に修正版が出ています。記事の中に、ソフトが使用されたところへのリンクもあります。
先のAIRバージョンが動かなかったということで、AIRによるRSSをソースとした[AIR][ActionScript]AIRでニコニコ動画風RSSリーダー作った（プレゼン向け）（public static void main）が08年2月2日に登場しています。
08年2月23日に開かれた第2回1000speakersにて、AIRとIRC（USTREAM.TV）によるものを製作した発表があったようです。Blog記事はどこにあるのかよくわかりません。ニコニコ動画にその内容がアップされています（DDDの概要とその可能性 - suztomo [2-16]）。
最後に、08年3月39日のわんくま勉強会にて、WPFとIRC（USTREAM.TV）によるMISAOが使用されました。
以上のような感じだと思います。間違い指摘などはコメントにてお願いします。メソッド用ではないですが、WPF＋ニコニコということでMISAOと同様なことをしている記事がありました（WPFでニコニコ（β版））。こっちは動画再生のためという感じでしょうかね。