わんくま東京勉強会#24でTwitterのお話をさしていただいたときの資料を一部先出しします。
誰か宛に@IDで返信したときに、その返信が相手に表示されるかどうかは、自分がフォローしているか、相手からフォローされているかで変わってきます、また、複数のIDを書いたかどうかでも相違があります（このときは順番も）。
前提：
@hogehogeさんとのフォロー関係がどうかで、@hogehogeさんのTimelineに表示されるかどうかをしめします。
表を見ていただくと分かるように、特定の１人だけ@したときと複数人に@したときで動作が異なります。
注目点は「自分のみ（フォローしている時）の相手表示」つまり想っているだけの相手への表示は、フォロー関係がまったくないときと変わらない点です。その相手のみへ@すればRepliesに表示されますが、複数人に@した中に指定した場合は、FriendsにもRepliesにも表示されません。
「相手から（フォローされている時）の相手表示」、つまり想われている相手に対する@については、その人にだけ@されていても、また複数人の@のなかの１人であったとしても、Friends_Timelineに表示がされます。
なお、先頭にピリオドをつけたときとつけなかったときの動作に相違はありませんでした。
補足１：
最近のTwitterクライアントには、Friends_Timelineだけではなく、Replies_Timelineも含めて表示してくれるものもあります。
補足２：
この調査は、2008/09/14に行いました。