今更ながらに気がつきました。
2007September版は日本語ローカルファイルがない（おい）
旧はともかく、新規プロジェクトを作成しようとすると「日本語」を選択ができません。
で、急遽、色々と探ってローカルファイル化を進めてます。
とりあえず、プロジェクト画面から日本語を選択できるようにしたので、次はXMLの日本語化なんですが、メンドイｗ おいおいやってくからもうちょっと待って（汗）
カンタンな、Help File builder 日本語対応
SandCastle help File Builder のインストール先ディレクトリを探します。
ほにゃらら\Sandcastle Help File Builder\SharedContent
の配下に、「SharedBuilderContent_ja-JP.xml」を作ります。既存のファイルからコピーで大丈夫です。このファイルが存在すると、ja-JPの言語でやりまっせー宣言になります。
SandCastle help File Builderを再起動してみてください。
プロジェクトプロパティで日本語が選択できるようになります。
ついでなんで、SandCastle配下のProductionToolsフォルダにあるChmBuilder.configファイルにも日本語使うよ宣言を追加。
<languages>
<language id="1033" codepage="65001" name="0x409 English (United States)" />
<language id="2052" codepage="936" name="0x804 Chinese (PRC)" />
<language id="1041" codepage="932" name="0x0411 Japanese (Japan)" />
</languages>
太字の部分ね。このIDとCodePageはMicrosoftサイトで公式に書かれているCodePage一覧から取得できます。日本語化や多言語化用途のある人は必須のブクマ♪
http://msdn2.microsoft.com/en-us/library/ms776260.aspx
これでとりあえずの応急処置はできていますので、日本語の文字化けがある程度防げるはずです。