http://blogs.msdn.com/tsmatsuz/archive/2006/08/16/701993.aspx

こんな疑問をもっているかたは、見た方がいい感じです。

[質問] ノータッチデプロイメントとの違いは何ですか?
[質問] では、ClickOnce においてセキュリティはどう考えられているのでしょうか
[質問] アセンブリが大きいので、差分更新をしたいと思っています。ClickOnce で差分更新をおこなうにはどうしたら良いですか
[質問] どんなブラウザでも動作するのですか
[質問] サーバ上のアセンブリの物理的更新とは別に配布(更新)するタイミングを操作できますか
[質問] 更新のタイミングを毎回アプリケーションが起動する際ではなく、別のタイミングで実行できますか
[質問] 更新の際に表示されるメッセージ(ダイアログボックス)を抑制できますか
[質問] 発行されたファイルはクライアント上の何処にインストール(配置)されているのですか
[質問] アプリケーションのサイズ(容量)が膨大なため、初回のみ CD-ROM などネットワークを使わずにインストールをおこない、2回目以降 の更新で ClickOnce を使いたいと思っています。このようなことは可能ですか
[質問] 容量が大きいため、必要な dll を使う場合のみ順次ダウンロードさせることはできないでしょうか
[質問] Office アプリケーション (VSTOで作成したマネージ実装) で ClickOnce を使うことはできますか
[質問] .NET Framework 1.1 で作成したアセンブリで ClickOnce を使うことはできますか
[質問] 難読化したアセンブリで ClickOnce を使うことはできますか
[質問] 利用者にアンインストールと再インストールをさせずに、ClickOnceのアプリケーション配布で使用している Web サーバを廃止し、新しい Web サーバへ移行させることはできますか
[質問] Windows Vista ( 及び IIS7 ) で ClickOnce は使えますか
[質問] 参照先のアセンブリ (物理的な PE ファイル) や設定ファイルなど、複数のファイルをインストールさせることはできますか
[質問] ClickOnce でダウンロード可能なアプリケーションそのものを製品などの形で顧客に提供したいのですが (顧客サイドで ClickOnce 配布を可能にしたい) 、顧客側でマニフェストの再作成・再署名が必要になってしまいます。
これを不要にする方法はありませんか