FTP プロトコルの場合は「発行」のみができるんですね。。

アプリケーションのインストールをサポートしない FTP プロトコル
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/ms228998.aspx

ClickOnce は、HTTP 1.1 のあらゆる Web サーバーとファイル サーバーからのアプリケーションのインストールをサポートしています。
ファイル転送プロトコル (FTP: File Transfer Protocol) はアプリケーションのインストールをサポートしていません。
FTP は、アプリケーションの発行にのみ使用できます。これらの相違点の概要を次の表に示します。

URL タイプ 説明
ftp:// このプロトコルを使用すると、ClickOnce アプリケーションを発行できます。
http:// このプロトコルを使用すると、ClickOnce アプリケーションをインストールできます。
https:// このプロトコルを使用すると、ClickOnce アプリケーションをインストールできます。
file:// このプロトコルを使用すると、ClickOnce アプリケーションをインストールできます。