Visual Studio 2008 SP1 以降だと、
ClickOnce マニフェストの署名が省略
できるそうな。
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/che5h906.aspx
上記を読む限りだと、一度発行したバージョンのみ未署名マニフェストを作れるってことみたいだけど正攻法ということではないみたいですね。
一般的に流通されないソフトウェアの場合、インターネットゾーンを経由した配布を除けば、そんなに厳密にしなくても良い気がするんですけどねぇ・・・