64bit, 32bit混在のアプリケーション(というか、AnyCPUとx86)のセットアップを作成すると。
普通ならx86でつくるっしょ。そうするとレジストリがWoW6432Nodeなんかに作られるわけです。
AnyCpuから見る場合にはもちろんHKLM直で、WoWのアプリだと、WoW6432Nodeを見るわけで、両方に同じ値を設定しておかないと、同じ値を使えません。
Vistaの用語である仮想化ではないけど、それらしい仮想化がされるので、両方の値を1アプリで設定することは出来ない。
どうしたらいいものか・・・・
もちろん全部x86でコンパイルするというては無しで