http://msdn2.microsoft.com/ja-jp/library/ms241064(VS.80).aspx
ms-help://MS.VSCC.v80/MS.MSDN.v80/MS.VisualStudio.v80.ja/dv_vs64/html/fd4026bc-2c3d-4b27-86dc-ec5e96018181.htm
JDK部分の64bit化をあきらめたのかどうかはわかりませんが、J#はx86専用のアセンブリしか出力できないということで、J#を含むプロジェクトの場合にはWoW64に縛られてしまうわけで、非常に制約が大きいですね。
AnyCPUでアセンブリを出力しているとJ# DLLがある場合には確実にBadImageFormatExceptionがでますので、x86に固定化しておく必要があります。