私の作っているライブラリはWankuma.IO.Pathなどのように、System.IO.Pathに対応しているのが一目でわかるようにあえてダブらせています。
こうすることによりusingディレクティブが使いにくいというのはわかりきったことなのですが、個人的にはWankuma.IO.Path.Directory等と、完全修飾して利用しています。
これは標準のライブラリを補完する意味で作っているのに、命名が分かれると余計に意味をなさないと思うほうが強いからです。
ただしusingディレクティブも賢くて、
using System.IO;
using WanDir=Wankuma.IO.Directory;
としてやると、WanDirで利用できるようになるので、使い方次第ではうまくいくでしょう。
Grepで引っかかりにくいとかはあるけど・・・