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Windows XPおよび2003ServerでJIS X 0213:2004 (JIS2004)に対応するフォントパックが公開されています。こちら。
Windows Vistaに搭載されているフォント、「メイリオ」はJIS X 0213:2004 (JIS2004) 対応となっています。これにより、従来のWindows XPや2003 Serverなどでは表示できなかった文字が表示できるようになりました。
逆に言うとWindows Vistaのメイリオで作成された文書がWindows XPや2003 Serverでは表示できない場合があります。 これに対応するフォントパックになります。
また、Vistaで従来のフォントJIS90のフォントも併せてこちらのサイトで公開されています。
まま、これですべての問題が解決するワケではありませんが、移行の際に伴う痛みなんでしょうね。
フォントを重要視する業界はこんなもんじゃ許してくれないかもしれませんが、対応としてはこれらのフォントを平行運用という形が限界でしょうね(^^;
他にもいろいろ問題はあるかもしれませんが、とりあえずの逃げ道が完全に絶たれたというワケではなさそうなので、よかったのかもしれませんね(^^;