システム設計段階にてデータ削除を物理削除もしくは論理削除のいずれかを
選択する事になります。
論理削除を主とした場合、いずれかのタイミングで物理削除をしなければいけなくなります。
この論理削除データをどう取り扱うかに焦点をおいてみましょう。
・論理削除されたデータをユーザーに参照させ、確認同意した上で物理削除する
・論理削除されたデータをユーザーに確認させずに削除した上で新規データを登録する
・論理削除した段階でデータをユーザーにメール送信し、復活の機会を作る（期間限定）
等の対策を取る事になります。
ユーザー側ではどうでしょうか？
・削除はユーザー自身の行為
・本当は削除しちゃいけなかったデータ
この本意はシステム側からは判断つきません。
システム開発側は、時折くる「復活の呪文電話（？）」を割り切って「削除はユーザー自身の行為」とします。
論理削除されたデータはいつまで残しておくべきか、いつ物理削除するか・・
・未来永劫データベースに保存
・１年に１回等タイミングを見計らって論理削除
・論理削除された日時からＮヶ月経過したレコードを削除
このあたりは、システムの特性に左右されます。
システム特性といっても業種・業務のサポート支援ですから
何かあったときに追跡調査できなきゃいけなかったりと様々です。