MSDNに64ビットWindowsのプログラミングガイドが公開されているようです。
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/bb427430(VS.85).aspx
64ビット版Windows OSの普及具合は分かりませんが、今後拡大していくことは間違いないでしょう。
移植に関する一般的なガイドラインはこちらに載ってます。
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/aa384190(VS.85).aspx
気になる人は一読を。