まずは Active Directory ドメインの簡単なドメインとサイトの図。（クリックすると新しいウィンドウで拡大図が表示されます。）
一番シンプルなのはフォレスト内にドメインが 1つだけあり、サイトも 1つ、サブネットも 1つという構成です。
新規で Active Directory ドメインを作った直後がそうですね。
.NET から Active Directory にアクセスするには、作成するアプリケーションのプロジェクトで、System.DirectoryServices アセンブリを参照する必要があります。
Active Directory と連携した社内Web アプリを作ると、ログイン画面が必要なかったり、ユーザが所属するグループによって権限や機能や処理を分けたりできます。
また、メールアドレスなどのユーザ情報は Active Directory から取得できるので、データベースに持たないようにすることもできます。
Web アプリの場合は当たり前ですが、Web サーバの設定が必要ですね。
これについては後日。