WPFのアニメーション その2「XAMLで書いてみよう」
http://blogs.wankuma.com/kazuki/archive/2008/09/25/157453.aspx
で紹介してるようにXAML側でストーリーボードの定義は出来ます。
コードからこれを実行しようとした場合
var storyboard = (Storyboard) FindResource("storyboard");
animationTarget.BeginStoryboard(storyboard);
みたいな感じでいけると思います。