Vistaで一般ユーザ（という表記でええんやろうか・・・）権限で秀丸（たしか6.1）を起動し、ProgramFiles内のファイルを変更すると、実は変更されていない（これも誤解を招きそう）んですか、そうですか。本当にありがとうございました。
まあ、ネタはいいとして、これが仮想化されてるということだそーで。
結局、実際のProgr～の中にあるファイルを変更しようと思ったら、変更を行おうとしているアプリが管理者権限で動作しなければならず、一般ユーザでそのまま変更を行うと、仮想化された、そのユーザ用コピーみたいなのを編集することになるというお話。
過去にネットゲームの開発に携わっていましたが、アップデータの開発とかする人、この辺を理解していないとどつぼにハマりそうやなぁ・・・などと思ってしまいました。