ＧＤＮＪの掲示板より、
マスターページの場合、Menuのスタイルが適用されない。
http://www.gdncom.jp/general/bbs/ShowPost.aspx?PostID=41303
XHTMLがらみなんですが、xhtmlConformanceにLegacyを設定した時に、ＣＳＳのクラス名と、実際にコントロールに設定されているクラス名が食い違って生成されるようです。具体的には、クラス名の定義では頭に"_"が付いているのに、実際にコントロールに指定されているクラス名には"_"が付いていない。これじゃぁ、ＣＳＳが適用されるわけない。フィードバックセンター行きかなぁ？
（参考）
xhtmlConformance 要素 (ASP.NET 設定スキーマ)
http://msdn2.microsoft.com/ja-jp/library/ms228268.aspx