前に、
gvim で日本語入力がうまくいかない [ぽざうねっと]というのを書いたのですが、解決しました。
[システム]→[設定]→[SCIM入力メソッドの設定]を選択し、[フロントエンド]→[全体設定]から[未確定文字列を入力対象ウィンドウに表示]のチェックを外せばOKです。
Ubuntu や gvim の問題ではなく、vim のプラグインの autocomplpop.vim の問題のようです。
autocomplpop.vim はこういうことがちょこちょこあって、普通に文章を書くときなどは off にしておいた方がいいと思います。
rails 開発のときも、rails.vim がインテリセンス的なものには少し力不足なため、邪魔な場合が時々あります。（レスポンスが遅くなる）
css ファイルなどをいじってるときは非常に便利なのですが、デフォルトで off にするかどうか迷うところです。