SkechFlowアプリケーションは、あくまでも画面遷移の打ち合わせ用
実プロジェクトで使うときには手動で変換が必要になります。

ということで、以下に方法が記載されています。

  http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/ee371158(Expression.30).aspx

  Visual C# を使用して WPF アプリケーションを変換するには
  Visual Basic を使用して WPF アプリケーションを変換するには
  Visual C# を使用して Silverlight アプリケーションを変換するには
  Visual Basic を使用して Silverlight アプリケーションを変換するには

基本は ExpressionBlend 系の記述を削除なり、置き換えたりする感じです

うーん・・・
ツールでやってほしいな・・・