アンテナハウスさんのところでも書かれていますが
http://blog.antenna.co.jp/PDFTool/archives/2006/01/pdf_36.html#trackbacks
実は結合文字は難しいです。
結合文字を正しく扱おうと思うとフォントエンジンとの一体化が必要です。
それもかなりの高度なことができなくてはいけません。
プラットフォームもブラウザも持っているMicrosoftならWeb上での完全な解に向けての音頭を取りうるのではないかと思っているわけですが・・・
フォントエンジンに少なくとも要素や、結合方法による変形などたとえば濁音が"は"につくときと、"か"につく時では位置、形はおのずと変わるということを実現する必要があります。
現時点ではどうも”か＋゛”の場合には”が”を表示しているというような対応をしているように思えます。実際のところは知らないんですが。