IIS7からコンフィグロックということで、ハンドラの付け換えがデフォルトで禁止されています。
http://blog.donnfelker.com/2007/03/26/IIS7ThisConfigurationSectionCannotBeUsedAtThisPath.aspx
%windir%\system32\inetsrv\config\applicationHost.configのsection要素のname="handlers"と"modules"のoverrideModeDefaultのdenyをallowに変更します。
もちろん管理者で昇格しないと編集できません。
もう一つのやり方は%windir%\system32\inetsrv\appcmd unlock config -section:system.webServer/handlers
%windir%\system32\inetsrv\appcmd unlock config -section:system.webServer/modules
を流すことです。
これで従来通りのハンドラとモジュールをweb.configで入れ替えできるようになります。
セキュリティ的にいい判断かどうかを考えてから、適用してください。