MSDNFに書いたのですが、もったいないのでこちらでも紹介。
http://forums.microsoft.com/MSDN-JA/ShowPost.aspx?PostID=369550&SiteID=7&mode=1
常々64bit環境で開発を行っていて、感じている勘所を徒然に・・・
Windowsアプリやコンソールアプリ、.NET完結型で行う場合には問題ありません。
ただしJ#を混ぜて利用する場合には32bit(WOW)で起動させる必要があります。
問題点はCOMと、P/INVOKEの局面で発生します。
COMは64bitモードの時には64bitCOMしか利用出来ませんし、32bit～～以下略
P/INVOKEは適切な利用をしている場合には問題が発生しません。
問題が発生するとしたら主にIntPtr周辺です。ポインタを不適切にintでやり取りしていたりすると問題が発生します。
IISを絡ませる場合にはIISを32bit or 64bitで起動させる判断をする必要があります。
こんなところでしょうか。