IEのHTML解釈は1行目1バイトにドキュメントタイプ宣言がないといけません。
よくあるaspxファイルは以下のようになっています。
<%@ Page language="c#" Codebehind="WebForm1.aspx.cs" AutoEventWireup="false" Inherits="WebApplication5.WebForm1" %>
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" >
<html>
<head>
<title>WebForm1</title>
<meta name="GENERATOR" Content="Microsoft Visual Studio .NET 7.1">
<meta name="CODE_LANGUAGE" Content="C#">
<meta name=vs_defaultClientScript content="JavaScript">
<meta name=vs_targetSchema content="http://schemas.microsoft.com/intellisense/ie5">
</head>
<body MS_POSITIONING="GridLayout">
<form id="Form1" method="post" runat="server">
</form>
</body>
</html>
このaspxを実行して出来上がるHTMLは以下のようなものです。
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN" >
<html>
<head>
<title>WebForm1</title>
<meta name="GENERATOR" Content="Microsoft Visual Studio .NET 7.1">
<meta name="CODE_LANGUAGE" Content="C#">
<meta name=vs_defaultClientScript content="JavaScript">
<meta name=vs_targetSchema content="http://schemas.microsoft.com/intellisense/ie5">
</head>
<body MS_POSITIONING="GridLayout">
<form name="Form1" method="post" action="WebForm1.aspx" id="Form1">
<input type="hidden" name="__VIEWSTATE" value="dDwtNjU0MzcyMTk1Ozs+61GRseu9VSPsWFkyCg2vFMT54Sc=" />
</form>
</body>
</html>
この1行目の空白が曲者です。
以下は本家で。
http://naka.wankuma.com/site/column/aspnet/00004.htm