Virtual Server SP1の発表で64bitに移行する障害はひとつ取り除かれるわけですが、いろいろと問題はあります。
http://d.hatena.ne.jp/NyaRuRu/20050423#p2
Nyaruruさんのところで、よくまとめられているのですがIEや、IMEなど32bitと64bitで二つのソフトが入っています。
64bit Windows上で64bitのソフトが動きますが、これらは利用するActiveXなどすべて64bitである必要があります。
32bitプラグインをIE32bitでは利用できますが、IE64bitでは利用できません。
同じような理由で32bitアプリケーション上では32bit版IMEしか動きません。
残念ながら当面の間この状況は改善されないでしょう、しかし、64bit化はびっくりするくらい急速にやってくると思いますよ。
#いつやるかが問題だよなー(^^;;