T4 のインクルードファイルの置き場所を登録しておけば自動的に見に行ってくれるようです。
レジストリ「HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\VisualStudio\9.0\TextTemplating\IncludeFolders\.tt｣で、Include0 REG_SZ <Your Path> って感じでFullPathを登録します。
VisualStudio2010は9.0のところを10.0にすればいいです。
VisualStudio2010は以下のフォルダが既に指定してあります。
C:\Program Files\Microsoft Visual Studio 10.0\Common7\IDE\Extensions\Microsoft\Entity Framework Tools\Templates\Includes
T4 のインクルードファイルはMicrosoftは .ttinclude と拡張子を書いていますので、これからはそれにならって書いていくことにします。