いろいろと選択肢があるのですが私はstsadm.exeを使ってます。で、知ってる人には当たり前なのかも知れないのですが-backupmethodオプションを使ってとったバックアップはstsadm.exeだけじゃなくてサーバの全体管理 -> サーバ構成の管理にあるバックアップから復元できるようです。
ちなみにこんなバッチを作ってタスクスケジューラに放り込んでます。
ディレクトリ構成はこんな感じを想定。
<退避先>
├\backup（バックアップファイルが入る）
├\old（1世代前のバックアップファイル）
└\log（ログ置場）
フルバックアップ用cmd）
rd /S /Q <退避先>\old
md <退避先>\old
move /Y <退避先>\backup <退避先>\old\%date:~-10,4%%date:~-5,2%%date:~-2,2%
md <退避先>\backup
"%CommonProgramFiles%\Microsoft Shared\Web Server Extensions\12\BIN\stsadm.exe" -o backup -directory <退避先>\backup -backupmethod full >> <退避先>\log\%date:~-10,4%%date:~-5,2%%date:~-2,2%.log
差分バックアップ用cmd）
"%CommonProgramFiles%\Microsoft Shared\Web Server Extensions\12\BIN\stsadm.exe" -o backup -directory <退避先>\backup -backupmethod differential >> <退避先>\log\%date:~-10,4%%date:~-5,2%%date:~-2,2%.log
フルバックアップと差分を適度なタイミングで組み合わせればいい感じになると思います。（このcmdだとフルバックアップは1日以上のタイミングを想定）