昨日解決したんだが遅かったので事後報告。
結局keybd_eventならいけることが判明。SendKeysでもメモ帳相手にはいけてたので変に長引いちゃいました。恐らくはアプリの処理するレイヤによっていけるorいけないが決まるのだとは思うのですがこういったアプリをあんまり触ったことがなかったのでSendMessageさえおくりゃなんとかなるさと思ってた自分にお説教をしたい気分です。
キーマッピングはここを見ながらやりました。http://www.microsoft.com/japan/enable/products/keyboard/mediacenter.mspx
GV-MVP/RX3とGV-RCKit2かつMCEなんて人が他にいるだろうか？いるようであれば公開したほうがいいかなぁ･･･。